Pocházel z rodiny hospodářského úředníka na ditrichštejnském panství. O otce přišel 6 letech. Po obecní škole ve svém rodišti odešel v 11 letech jako choralista studovat do Mikulova. Po ukončení studia na piaristickém gymnáziu vstoupil do piaristického řádu, který mu dal příležitost stát se učitelem a věnovat se vědě. 1807 z řádu vystoupil a studoval filozofii a lékařství na pražské univerzitě. Již za studií se podílel na vzniku časopisu Krok. 1818 byl promován a stal se na lékařské fakultě asistentem. 1823 se stal profesorem fyziologie na univerzitě ve Vratislavi. 1837 formuloval buněčnou teorii. Řada objevů a pojmů byla nazvána jeho jménem. 1839 otevřel ve Vratislavi Fyziologický ústav, kde byl mj. průkopníkem nových postupů a technik v mikroskopii, včetně využití í fotografie. Jeho mikroskopické snímky se bohužel nedochovaly, srovnatelným vodítkem může být Staškova mikrodaguerrotypie. Ve Vratislavi mu na choleru zemřela manželka a obě dcery, zbyli mu dva synové, z nichž vynikl malíř Karel Purkyně.
1849 se vrátil do Prahy po svém jmenování profesorem fyziologie na pražské univerzitě, kde působil od roku 1850. 1850-53 byl jejím proděkanem. 1851 zde vybudoval fyziologický ústav. Od 1853 vydával česky přírodovědný časopis Živa. Byl aktivní v řadě oblastí, vedle vědecké sféry pomáhal při vytváření mnohých kulturních, vědeckých i společenských uskupení.
Z hlediska zájmu o fotografii jsou podstatné jednak jeho fyziognomické studie, jednak zobrazení fází pohybu v kinesiskopu. Význam fotografie ke studii fyziognomie konstatoval již brzy po zveřejnění daguerrrotypie, konkrétním fotografickým dokladem jsou vizitky s jeho měnící se podobou signované Eckertem. Je pravděpodobné, že snímky demonstrujicí emoce v proměnách fyzignomie Purkyněho tváře od pláče po smích vznikaly vícekrát, s různými fotografy. Jak upozorňuje Jaroslav Anděl (viz Odkazy) Janusz Ferdinand Nowakowski v Purkyňově monografii z 1862 popisuje dokonce 60 fotografií jeho tváře; Eckertových vizitek se do současnosti dochovalo jen 9.
Základní poznatky z oboru fyziologie vidění publikoval již 1819 v disertační práci (viz Odkazy), která se řadí mezi nejvýznamnější práce svého oboru vůbec. Zdokonalil fenakistiskop A. Plateaua z 1832 tím, že jeden původní kotouč rozdělil na dva, které se otáčeli společně na jednom hřídelníku. Na zadním kotouči byly umístěny obrázky pohybových fází, na předním pozorovací štěrbiny. Odpadlo tak zrcadlo, které zde bylo nutné. Nový přístroj Purkyně nazval kinesiskop a je doloženo, že se prodával již ke konci jeho působení ve Vratislavi. Kineskopu použil jako vůbec první k demostraci pohybu lidského srdce a k názornému předvádění funkce lidského oběhu. Kotouče s těmito obrázky promítal 1861 na schůzi Královské české společnosti nauk. Projekce se uskutečnila s pomocí světelného zdroje na velkou plochu (!) a dále s pomocí krokového mechanizmu poháněného hodinovým strojem. Kotouš s fázemi pohybu lidského srdce je v expozici Národního technického muzea.
Vedle kreslených ilustrací Purkyně použil k demonstraci pohybových fází také fotografie, v čemž má světový primát. Šlo o to, že kotouček s fotografickým zobrazením tváří vědce po vložení do forolytu nebo kinesiskopu ukazoval tvář vědce v pohybu. Již v přednášce ve Spolku českých lékařů 1862 předpověděl rozvoj odvětví, které bylo později nazváno kinematografií. Stal se členem londýnské Královské společnosti, vídeňské a pařížské akademie věd, poslancem zemského sněmu, 1869 byl povýšen do šlechtického stavu.
Odkazy: Vlastní texty: Beiträge zur Kenntniss des Sehens in subjektiver Hinsicht. F. Vetterl, Praha 1919 (přetisk J. Calve, Praha 1823, dále viz Sebrané spisy, svazek I., Spolek českých lékařů, Praha 1918; český překlad editor V. Kruta: J. E. Purkyně: Příspěvky k poznání zraku ze subjektivního hlediska. Univerzita J. E. Purkyně, Brno 1969); Literatura se vztahem k foto: J. Brichta: Purkyňův přínos k vynálezu kinematografie; Vesmír 1953, s. 250-253; R. Skopec: Jan Evangelista Purkyně a fotografie. Nová fotografie 1952, č.11, s. 122; R. Skopec: Jan Evangelista Purkyně a fotografie. ČsF 1955, č.9, s. 102; E. Trávníčková: Purkyňovy fyziognomie. In: E. Trávníčková (edit): Jan Evangelista Purkyně. Život a dílo. Avicenum, Praha 1986, s. 362-368; J. Kröhn: Purkyňův kinesiskop, Věta technika a my, 1994, č.7, s.7; J. Anděl: Česká fotografie 1840-1950. Příběh moderního média, Praha 2004.