Pocházel z rodiny řídícího učitele. Jeho životní dráha je příkladem cesty talentovaného člověka od práce dělníka v kartounce po  dráhu vědce a vysokoškolského učitele. Po studiích na reálkách v Mladé Boleslavi a Praze pracoval od 1867 jako učeň v továrně na kartouny v Kosmonosích, po kurzu běličství, barvířství a tiskařství v Praze byl krátce zaměstnán i v kartounce na Smíchově. 
Po studiu v chemickém oddělení polytechniky v Praze 1872 - 75 se stal asistentem na Vysoké škole technické. 1878 - 84 byl redaktorem Chemických listů, odkud přešel do redakce Österreich-ungarische  Brennerzeitung, jehož vydávání skončilo 1890. Ve svých třiceti letech byl asistentem na vysoké škole, vedoucím lihovarnické školy a výzkumné stanice v lihovaru v Litni. 1899 založil na Vysoké škole technické v Praze samostatný Ústav praktické fotografie, v němž byl jmenován řádným profesorem kvasné chemie a fotografie a kde založil fotoateliér. 1903 byl autorem patentu na lisované droždí z cukrové řepy. 1906 byl jmenován profesorem Institutu des Fermentations v Bruselu. 1912 se stal čestným  členem České chemické společnosti pro vědu a průmysl.
Pro jeho fotografování bylo příznačné prolínání volná tvorby s vědeckou. Nejstarší  je stereosnímek z Karlových Varů z 1874. Z 1882 pochází  nejstarší dochovaná fotografie formátu 18 x 24 cm (Rej dětí u Popovic). První zápis o mikrofotografiích, které pak vystavoval v Paříži,  pochází z 1887. Roku 1896 asistoval při pokusech s rentgenovým zářením prof. Karlu Domalípovi. Rok poté byl jmenován členem poroty na První výstavě fotografů amatérů českoslovanských. 1902 pořídil soubor Betlém v Kuksu. Mimořádnou pozornost vyvolal mikrosnímky kvasinek, pořízených v UV záření, prezentovaných na botanickém kongresu ve Vídni 1905. Z 1907 pocházejí jeho první fotografie signované slepotiskem a ovlivněné piktorialismem. Následující rok začal experimentovat s autochromy, přičemž jeho žákem se stal Karel Šmirous. V létě 1910 fotografoval v Istrii, 1913 v v Brixenu a okolí, 1915 pořizoval panoramatické snímky z okolí Lázní Mšené a následující roky fotografoval zejména  v Sedlejovicích a okolí. 1918 uspořádali k uctění jeho památky výstavu fotografií v Technickém muzeu.
V dochovaném fot.  díle nalezneme téměř všechny žánry od vědecké fotografie po momenku, od zátiší po akt. Z volné tvorby působí nejzajímavěji krajinářské záběry (zejména ze zbirožska a Istrie) a celek z Kuksu. Cenné jsou deníky s technickými  záznamy fotografovaných míst i exponometrickými hodnotami. Dochovaná korespondence svědčí o stycích  s řadou  významných osobností vědeckého a kulturního života jeho doby. Fondy Kruisových pozitivů a negativů jsou v NTM a v soukromém majetku.

Odkazy: A. Svoboda: Karel Kruis a Jan Šatava, dva zapomenutí kvasinkoví mikrobiologové. In Kapitoly z historie československé mikrobiologie. 1. vyd. Praha : Čs. mikrobiologická společnost, 1998;  M. Kotěšovec: Dvorní rada, profesor Karel Kruis, fotografie z let 1882 - 1917... Magisterská diplomová práce ITF, Opava 2004; Karel Kruis, fotografie z let 1882–1917. Výstava, Clam-Gallasův palác, Praha, 27. 9.  – 29. 10. 2006; M. Kotěšovec: Karel Kruis - Fotografie z let 1882 - 1917. Libri, Praha 2009.